“十一五”期间的环境治理重点工程包括重点流域水污染治理、燃煤电厂烟气脱硫、医疗废物及危险废物处置、核与辐射安全工程、铬渣污染治理。
重点流域水污染治理工程
《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》指出的重点流域水污染治理工程包括“三河三湖”、三峡库区、长江上游、黄河中上游、松花江、南水北调水源及沿线的水污染治理。重点流域涉及全国18个省、自治区、直辖市，大多是经济发达地区。近年来，国家对重点流域水污染防治的投人不断增加，主要污染物排放总量继续降低,部分河湖水质有所改善,但从总体上看，重点流域主要污染物排放明显超过环境容量，部分治污工程建设和运营还存在一些问题，水污染防治形势仍然十分严峻。
燃煤电厂烟气脱硫工程
即将燃煤电厂烟气排放中的二氧化硫去掉的工程。烟气脱硫是国家“十一五”规划重要的环保领域。二氧化硫是酸性气体，在空气中与水接触形成酸，最后以酸雨的形式降落到地面，对环境产生巨大的污染。目前，国家环保总局与若干电力企业和排放大省签订了《“十一五”二氧化硫总量控制目标责任书》，加大了执法力度和惩罚力度，促使企业落实脱硫装置的建设资金，使现有电厂达标排放;国务院也批准国家发展和改革委员会等部门出台了电价支持政策。
医疗废物及危险废物处置工程
对医疗废物及危险废物处置的目的是为能够在较短的时间内彻底改变中国危险废物、医疗废物安全处置滞后、监管体系不完善、收集运输漏洞较多的局面,杜绝危险废物、医疗废物违法排放。《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》提倡集中安全处置，淘汰分散、简陋处置设施;制定收费政策和优惠政策，推进企业化、社会化和产业化;设施建设和管理体系建设并重。
核与辐射安全工程
以核设施和放射源监管为重点，确保核与辐射环境安全的过程。为全面加强核安全与辐射环境管理，国家对核设施的环境保护实行统一监管。《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》指出,核电发展的规划和建设要充分考虑核安全、环境安全和废物处理处置等问题;加强在建和在役核设施的安全监管，加快核设施退役和放射性废物处理处置步伐;加强电磁辐射和伴生放射性矿产资源开发的环境监督管理;健全放射源安全监管体系。当前，中国在核辐射安全方面的主要问题:随着核设施的发展，存在不少安全隐患;放射源使用不当以及放射源的丢失和遗漏造成安全隐患。
铬渣污染治理工程
对堆存铬渣及受污染土壤进行综合治理，实现所有堆存铬渣无害化处置的过程。铬渣是铬化合物生产过程中排出的含有剧毒物质的废渣，属危险固体废物。中国铬化合物生产企业规模小、厂点多、地点分散、技术落后、治污不达标，铬渣乱排、事故频发、威胁人身安全、破坏环境的现象大量存在。铬渣污染一直是中国污染治理的重点和难点，成为影响中国环境质量和人民健康的重大污染源之一。国家发展和改革委员会、国家环保总局已制订方案，要求新建和现有铬化物企业限期淘汰现有落后生产工艺;限期治理堆存的有毒铬渣以及被铬渣污染的土地。对铬渣污染进行治理不仅可以解决铬渣污染问题，还可以促进固体废物的综合利用和促进循环经济的发展。